高效液相色譜儀用檢測波長測定時一般都選擇在對樣品有最大吸收的波長下進行，以獲得最大的靈敏度和抗干擾能力。但應特別注意在選擇測定波長時，必須考慮到所使用的流動相的紫外吸收性質。也就是說，使用紫外-可見光檢測器時，溶劑不應吸收測定波長的紫外光，樣品測定波長應當在溶劑紫外吸收波長上限以上。噪聲降至10-4~10-5AU，才能保證檢測的靈敏度，才能用于梯度洗脫。

另外，山東譜析科學儀器工程師認為，檢測波長的選擇涉及到以下2方面的因素：

1、目標物質在該波長處有較大（往往不是最大）吸收。

2、與目標物質同時經過檢測器流通池的其他物質（主要是流動相與樣品溶劑）在該波長有較小吸收。

液相色譜儀使用溶劑吸收波長的上限，就是透過波長的下限。波長的下限規定為溶劑在以空氣為參比，樣品池厚度為1厘米的條件下，恰好產生1.0吸光度時相對應的波長值，即溶劑透過率為10%時的波長。

溶劑中如果含有吸收紫外光的雜質，同樣會使檢測背景提高，靈敏度降低，且用作梯度洗脫時會引起嚴重漂移。因此，液相色譜儀系統對溶劑純度要求較高，一般應使用分光純或分析純溶劑，在有條件時，色譜純溶劑為首選。應注意不能使用化學純及純度更低的溶劑。有時需要對溶劑進行專門純化處理。