在毛細管氣相色譜儀中色譜柱被污染是很普遍的問題。不幸的是它和各種常見的問題相似，因此常常被錯誤地判斷為其他故障。通常，受污染的色譜柱雖然沒有損壞，但卻不能再使用。

    有兩種基本的污染物：不揮發性污染物和半揮發性污染物。不揮發性污染物或殘留物不會洗脫出來，而會積聚在色譜柱內。這樣色譜柱即成為涂漬了殘留物的色譜柱，因而影響了溶質在溶入固定相和洗出固定相的正確分配。而且殘留物還會與活性溶質相互作用，從而引起峰的吸附問題（例如拖尾峰或峰面積減少）。活性溶質是指含有羥基(-OH) 或氨基(-NH) 以及某些硫醇基(-SH) 和醛的物質。積聚在色譜柱內的半揮發性污染物或殘留物，將終會被洗脫出去。但需要幾個小時甚至幾天才完全從色譜柱中洗脫。與不揮發性殘留物一樣，它們也會引起峰形和峰面積出現問題，此外，通常還會引起很多基線問題（不穩定、偏離、漂移、鬼峰等）。

    污染物的來源有許多，其中進樣是主要的來源。萃取自基質復雜的樣品。如生理體液和組織、土壤、廢水、地下水和類似的基質均含有大量的半揮發性和不揮發性物質。即使采用了仔細并徹底的萃取方法，樣品中還是會含有少許這些物質。進行幾次直到幾百次進樣后，積聚的殘留會引發問題。進樣技術如柱上進樣、不分流進樣、和大口徑柱直接進樣均會將大量樣品進到色譜柱中，因此采用這些進樣方法常常會造成色譜柱的污染。
　  有時，污染物來源于氣路和捕集阱、密封墊圈和隔墊顆粒中的材料，或任何與樣品接觸的物質（樣品瓶、溶劑、注射器、移液管等）。如果突然出現污染問題，但在前幾個月或前幾年類似的樣品均未導致出現任何問題，則說明問題來自于這些種類的污染物。
　  大限度地減少半揮發性和不揮發性樣品殘留是減少污染問題的較佳方法。然而是否存在污染物以及存在哪些污染物通常是不為人知的。嚴格和徹底的凈化樣品是防止出現污染問題的較佳方法。使用保護柱或保留間隙柱通常可以減輕色譜柱污染所引發問題的嚴重程度或推遲這些問題的出現。如果氣相色譜柱已被污染，則較佳方法是使用溶劑沖洗色譜柱以去除污染物。建議不要使用長時間加熱（通常稱為烘烤色譜柱）的方法來處理受到污染的色譜柱。因為烘烤色譜柱可能會把某些污染物殘留變成不能溶解的物質而無法通過溶劑清洗將它們從色譜柱中去除。如果出現這種情況，通常就無法再恢復色譜柱了。有時可將色譜柱切割為兩段，后半段可能仍可使用。在色譜柱的恒溫極限下烘烤色譜柱時，時間應不超過1-2 個小時。